Le parcours Beaux-Arts débute au 1er étage dans une salle du Logis Barrault aux murs de tuffeau.
Les panneaux sur bois présentés ici proviennent de deux centres artistiques italiens très importants : Sienne - œuvres de Segna di Bonaventura, Le Jugement dernier ; Pisano, Vierge à l'Enfant… - qui perpétue le modèle de tradition byzantine, et Florence - La Vierge à l'Enfant et Saint Jean Baptiste adorant l'Enfant, attribué à Botticini, 2 panneaux de cassoni : Siège de Carthage et Comblement d'un puits - qui montrent l'intérêt pour le corps, l'espace et la perspective propres à la Renaissance. Une rare Crucifixion de l'Ecole d'Avignon (15e siècle) caractérise le Gothique international.
A la fin de cette séquence dominée par la peinture italienne, une œuvre au style très différent, peinte vers 1500, La Circoncision, attribuée au Maître à l'œillet de Baden représente l'école allemande du sud.
Dans le passage menant à la salle de la cheminée et dans le petit cabinet suivant (fin 15e), une petite section est consacrée à l'évocation du Portrait en Europe au 16e siècle (œuvres flamandes, hollandaises, françaises et anglaises) ou se lit l'émergence du portrait individuel par rapport à la peinture religieuse très codifiée des siècles précédents.(œuvres de Benson, atelier de Clouet, maître proche de Hans Eworth…).
Dans la salle dite " de la cheminée ", toujours dans la partie ancienne du Logis Barrault, occupée par une cheminée gothique construite vers 1486-1493, sont abordés dans des vitrines murales ou centrales les cabinets de collectionneurs, à partir de deux collections d'objets précieux légués au musée. Le premier, légué en 1859 par la veuve de Lancelot-Théodore Turpin de Crissé (1782-1859) et le second en 2003 par la veuve de Daniel Duclaux (1910-1999), ont en commun les objets d'art du Moyen-Age et de la Renaissance : ivoires, émaux, céramiques, bronzes, ainsi que des tableaux religieux de Primitifs flamands des 15e et 16e siècles : Bellegambe, Maître de Hoogstraeten, atelier de Van der Weyden…